اندیشکده نظام مسائل با هدف شناسایی مسائل کلان کشور و در راستای حل ابرچالش های ملی با بهره گیری از ظرفیت علمی و پژوهشی جوانان نخبه و پژوهشگران خبره به دنبال کشف راهکارهای علمی و اجرایی جهت برون رفت از معضلات کلان ملی است لذا در همین راستا اندیشکده نظام مسائل با تشکیل ۴ دفتر مطالعاتی و ۲۰ گروه پژوهشی فعالیت خود را آغاز نموده است و تلاش میکند با انجام پژوهش های کاربردی و تاثیر گذار و همچنین برگزاری نشست های تخصصی ریشه مشکلات را شناسایی و راه حل های منطقی را پیشنهاد نماید.
اندیشکده نظام مسائل حکمرانی کشور با هدف اثربخشی برای شناخت ،تبیین و حل مسائل کلان حکمرانی کشور و به منظور شناسایی و اولویت بخشی به احصاء ظرفیت ها و حل موانع پیش روی آینده کشور و اصلاح ساختار نظام تصمیم گیری و حکمرانی با تکیه بر ظرفیت جامعه علمی و پژوهشی و خلق راهکارهای سیاستی و علمی- اجرایی جهت برون رفت از موانع و ابرچالش های کشور تشکیل شده است.