شورای سیاستگذاری اندیشکده بالاترین مرجع تصمیم گیری و خط مشی دهی به فعالیت های اندیشکده بوده و محوریت اصلی فعالیت ها و سیاست های آن در قالب اولویت های پژوهشی ترسیم میکند.
اندیشکده نظام مسائل حکمرانی کشور با هدف اثربخشی برای شناخت ،تبیین و حل مسائل کلان حکمرانی کشور و به منظور شناسایی و اولویت بخشی به احصاء ظرفیت ها و حل موانع پیش روی آینده کشور و اصلاح ساختار نظام تصمیم گیری و حکمرانی با تکیه بر ظرفیت جامعه علمی و پژوهشی و خلق راهکارهای سیاستی و علمی- اجرایی جهت برون رفت از موانع و ابرچالش های کشور تشکیل شده است.