مدیر اندیشکده طبق نظام نامه به عنوان عالی ترین مقام اجرایی اندیشکده مسولیت نظارت و هماهنگی امور اجرایی اندیشکده را برعهده دارد.
اندیشکده نظام مسائل حکمرانی کشور با هدف اثربخشی برای شناخت ،تبیین و حل مسائل کلان حکمرانی کشور و به منظور شناسایی و اولویت بخشی به احصاء ظرفیت ها و حل موانع پیش روی آینده کشور و اصلاح ساختار نظام تصمیم گیری و حکمرانی با تکیه بر ظرفیت جامعه علمی و پژوهشی و خلق راهکارهای سیاستی و علمی- اجرایی جهت برون رفت از موانع و ابرچالش های کشور تشکیل شده است.
